由于目前所知抗病毒药对此类病毒的都不佳，所以尽管治疗方法非常多，能达到75%以上的并不多。不同的症状治疗的方法也不一样，下面就详细介绍下：
一般的治疗分为局部和全身用药，应根据不同患者、不同部位、皮损数目、大小等选用不同方法。对数目不多的扁平疣，可根据医生指导选用3％酞丁胺霜外用、0。05％～0。1％维A酸软膏或阿达帕林霜外用、氟尿嘧啶软膏外搽。对数目多或久治不愈者可选用聚肌胞注射液、左旋咪唑片、卡介苗提取素注射液等免疫制剂全身用药。
扁平疣的发病是人类乳头瘤病毒感染所致，但与免疫低下和皮肤局部外伤有密切关系。具体方法较好还是按医嘱来使用为好。当然中医药也有不少方法可用，以散风平肝、清热解毒、散结为治疗原则。
一般无自觉症状或偶有微痒。在初发病时，皮损发展及增多较快，因扁平疣的疣体中有大量活跃的病毒，当局部被搔抓时，疣体表面和正常皮肤可产生轻微的破损，这时病毒很容易被接种到正常皮肤上而产生新的疣体。扁平疣不仅可以自身传染，还可通过直接接触传染给他人。
本病经过慢性，数患者可经1～2年或更久而自行消退。消退前疣基底部常现炎症反应，抓痒加重，但可复发。数患者还有发生癌变的可能。
因此，不少青年患者不了解该病的自身传染性，时常有意无意地搔抓患处，结果发现疣体越来越多，甚至沿抓痕呈串珠状排列或密集成片。从养血、清热解毒，活血祛风的中药中，筛选出经现代医学研究证实具有增强机体免疫，杀灭或抑制病毒生长，改善血液微循环的中药黄芪、黄精、当归、金银花、连翘、赤芍、红花等 中药浓缩提取物配制而成的“排毒化瘀灵一号。
扁平疣的危害有很多，主要的有：
1、传染。扁平疣可以通过密切接触传染家人和朋友，因此，容易在亲人间导致隔阂。
2、癌变。凡由 “人类乳头瘤病毒 ”感染而导致的疾病均可导致癌变，其中，以 “疣状表皮发育不良 ”癌变率较高， “尖锐湿疣 ”次之，“扁平疣 ”癌变率排第三。
3、有碍观瞻、伤 “面子 ”。因扁平疣专在暴露部位发病，尤其爱出现在面部，且皮损有碍观瞻，很伤 “面子 ”。
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